Japan-Places.com أدرج تقريبا 540 الكنائس البروتستانتية في اليابان. بعض من أعلى تصنيف الكنائس البروتستانتية في اليابان نكون- كنيسة كويوا, كنيسة هاشينساتو المسيحية, كنيسة اكاساكا, كنيسة يوماتشي هونغو, كنيسة كاجوشيما كاجياتشو, الكنيسة المسيحية اليابانية Nishiarai الكنيسة, مركز الرؤية (كنيسة عائلة يسوع), كنيسة الكتاب المقدس في جنوب أوساكا, تحالف اليابان كنيسة المسيح كنيسة Tsuchiura Megumi & كنيسة Megumi Tsuchiura التابعة للتحالف الياباني.